Para resolver este problema existen programas para que se encargan de desfragmentador de disco analiza los volúmenes locales, y consolida las carpetas y los archivos fragmentados de modo que cada uno ocupe un único espacio contiguo en el volumen. Esto debe realizarse con frecuencias cada 7 dia, cada 2 semanas o cada mes dependiendo el uso del usuario (que tan seguido se le instales programas o borren archivos).
Existen diversos programas que se pueden bajar desde internet con los cuales podemos realizar esta funcion. Algunos de ellos son:
Ultra Defrag: Es un programa Software Libre, rápido y de fácil manejo, que nos será de gran utilidad para analizar y desfragmentar nuestros discos duros en sistemas NT (Windows 2000, Windows XP, Windows 2003). Manual de uso.
Deffragler: Es una aplicación gratuita y de poco tamaño (391KB) para desfragmentar nuestro disco duro, que además nos va a permitir seleccionar un archivo o varios para visualizar cuan desfragmentado está, y si lo consideramos oportuno desfragmentarlo, sin necesidad de desfragmentar todo el disco duro. Manual de empleo y descarga.
DiskDefrag: Es una utilidad gratuita para Windows 2000, Windows 2003, Windows XP y Windows Vista que realizará la desfragmentación de una forma sencilla, rápida y eficaz. Manual de empleo y descarga.
JkDefrag y JkDefragGUI: Son dos programas gratuitos, que no precisan instalación (portable) que nos permitiran analizar, desfragmentar y opimizar el disco. Manual de empleo y descarga.
PageDefrag: Es un programa gratuito y que no precisa instalación, (portable) que nos será de utilidad para la desfragmentación de archivos abiertos con acceso exclusivo, como pueden ser el archivo de paginación, los archivos de registro de eventos y los subárboles del Registro (SAM, SYSTEM, SYSTEM.ALT SECURITY, SOFTWARE, .DEFAULT) Manual de empleo y descarga.
WinContig: Una herramienta gratuita para uso personal y comercial, muy fácil de utilizar que nos servirá para desfragmentar archivos de nuestro equipo sin necesidad de desfragmentar todo el disco duro de nuestro equipo. Información del programa.
Smart Defrag: Es un programa gratuito para la desfragmentación de disco, que optimiza el sistema de archivos bajo un criterio en el que mejora el acceso a los datos y directorios que se utilizan más a menudo, lo que permite ejecutar las aplicaciones con más velocidad y estabilidad en el ordenador. Manual de empleo y descarga.
Ademas de los programas anteriores windows cuenta con un programa poder llevar a cabo la desfragmentacion al cual se puede entrar de la siguiente manera:

Al presionar la tecla inicio/todos los programas/ accesorios / herramientas del sistema / desfragmentador del disco.
Al aceder al al desfragmentador del disco nos da a escojer (en caso de tener mas una unidad de disco o una memoria USB) que disco queremos desfragmentar. Esta cuanta con dos opciones Analizar y Desfragmentar
Al analizar nos muestra el espacio que estamos ocupando en el disco, los archivos continuos,los que pueden ser remobibles y los que no. En la opcion desfrag,entar aparte de ocurrir el analisis tambien lleva a cabo el proceso de desfragmentacion para mover los archivos de forma continua para lograr un mayor funcionamiento de la pc.